Для запрета индексации index.html и index.php стоит создать файл robots.txt в корне сайта с таким содержимым

User-agent: *
Disallow: /index.html
Disallow: /index.php

UPD: Готовый c редеректом index.html и php

AddDefaultCharset UTF-8

RewriteEngine On

# Index file
DirectoryIndex index.html

# Redirects
RewriteRule ^index.php$ / [QSA,R]
RewriteRule ^index.html$ / [QSA,R]

# Error files
ErrorDocument 401 /error/401.php
ErrorDocument 403 /error/403.php
ErrorDocument 404 /error/404.php
ErrorDocument 500 /error/500.php

Если у вас Nginx то соответственно это в конфигурацию:

index index.html;
charset utf-8;
error_page 500 /error/500.php;
error_page 404 /error/404.php;
error_page 403 /error/403.php;
location /index {
rewrite ^/index.php$ / redirect;
rewrite ^/index.html$ / redirect;
}